2012年，我國的化學原料藥面臨著市場需求和生產成本的雙重壓力。經濟放緩，來自印度等新興市場的挑戰加劇，我國化學原料藥的競爭優勢被削弱，同時，產能過剩引發的價格戰及貿易摩擦危機也相當嚴峻。
　　據海關數據顯示，今年上半年，我國產原料藥品種有45.08%的出口均價在10美元/公斤以下，31.97%的原料藥品種出口均價在5美元/公斤以下。出口平均單價同比下降所占的比重達43.41%，究其原因，產能過剩無疑是禍首。
　　原料藥行業的一些領域由于進入門檻低，一些企業為追逐利潤，往往采用規模效應，擴大產能，壓縮成本，這就導致了產供嚴重失衡，最終使企業失去價格的話語權，由此陷入被動局面。這是當前很多原料藥企業普遍面臨的困境。
　　而另一方面，原輔料、水電煤運等成本依然維持在高位，使醫藥生產成本不斷升高。近幾年，原料藥企的人工費用（五險一金）持續上漲，對企業的運營也造成了較大的壓力，環保和地方財政貢獻率等壓力越來越突出。同時，GMP的改造也加重了企業的成本壓力，一些產品的經營問題十分嚴峻。例如激素類產品的重要原料黃姜被游資囤積炒作，價格連連上漲，由于沒有其他可替代原料，企業叫苦不迭。
　　發展新業務的途徑越來越少也是造成企業的生存空間變窄的原因之一。例如，近幾年發展起來的外包業務，因為市場逐步擴大，競爭加劇，前景不樂觀。而歐債危機又使外部需求受限，企業的利潤增長點不斷降低，有些企業在今年上半年業務量上漲30%的情況下，利潤卻和去年同期持平。
　　另外，我國醫藥產品自主創新能力較弱，主要靠低成本進行國際競爭，造成行內互相廝殺，結果是兩敗俱傷。如我國原料藥出口額最大的還是抗感染藥、解熱鎮痛藥和維生素三大類，但都屬低附加值產品。
到目前為止，我國制藥工業97%都是仿制藥，制藥企業不是在某一點上發展自己獨特的優勢，而是什么賺錢干什么，這是很嚴重的問題。
　　人民幣匯率問題仍是制約企業發展的重要因素，人民幣升值幅度的不斷加大，使附加值較低的大宗原料藥及中間體出口壓力不斷增加。人民幣匯率的持續升值，使得我國原料藥出口的價格競爭優勢正逐漸喪失，對出口企業的經營也形成了一定的壓力。
　　由于我國原料藥企業多頭出口，無序競爭，產品不特，大而不強，在國際主流市場的主導地位越來越弱。而反觀我國原料藥的主要競爭對手印度，實力沒有我們強，從業人員比我們少，但由于有政府扶持，行業發展很快，近年來大有趕超我國之勢。印度利用我國內外銷產品的價格差（外銷產品價格低于內銷產品），低價從我國進口優質原料藥，再加工成下游產品后與我國進行競爭。同時，印度發揮政府扶持優勢，在技術水平上逐漸與我國企業拉開檔次，搶占國際市場。為此，業界普遍擔心，在未來數年，我國原料藥業將面臨來自印度的巨大壓力。